一、政权大于教权
活佛转世制度的确立和发展是由中央政府决定的，始终坚持政权大于教权的原则。活佛转世制度始于噶玛噶举派，这一制度的形成与中央政府的权威密切关联。1288年攘琼多吉被认定为楚布寺高僧噶玛拔希的转世，开创了活佛转世制度。攘琼多吉于1332年应召到元大都（今北京）拜见皇帝并传法，元顺帝赐予其“圆通诸法性空佛噶玛巴”等封号，并赐敕书、国师印等。通过封赐，其转世活佛的合法身份和合法地位得到元朝中央政府确认，其“噶玛巴”名号也经中央政府封赐得以使用传承，活佛转世也由民间自发性而被赋予法理意义，得以真正形成制度。
达赖喇嘛转世系统的形成与发展也与中央政府的管理密不可分。1546年，年幼的索南嘉措被认定为上任住持根敦嘉措的转世。1587年，明朝中央政府封索南嘉措为“朵儿只唱”，意为“金刚持”，赐印，准许进贡。这是达赖喇嘛转世系统首次受到中央政府的封赐，也标志着这一转世系统得到了中央政府的正式确认。没有政府批准和确认，达赖喇嘛转世系统就不可能形成。1653年，五世达赖喇嘛阿旺罗桑嘉措应召到达北京朝见清朝顺治皇帝，被册封为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，并赐金册金印，从而使“达赖喇嘛”这一封号得到中央政府的正式确定。此后，历世达赖喇嘛转世须经中央政府批准和册封的制度遂成定制。
政权大于教权，不仅达赖喇嘛转世系统的合法性来源于中央政府，历史上西藏地方政教合一制度的实行，也是由中央政府决定的，达赖喇嘛在西藏地方的政教权力均是中央政府授予的。1751年，清朝中央政府废除西藏地方郡王制，敕令七世达赖喇嘛与驻藏大臣共同办理西藏地方政教事务，自此达赖喇嘛成为西藏地方政府的政教首领，其政教地位和影响得以提升。
二、国法大于教规
在活佛转世问题上，始终体现着中央政府在活佛转世管理方面的权威，坚持着国法大于教规的原则。
1793年，清朝中央政府颁布《钦定藏内善后章程二十九条》，将金瓶掣签制度以法律形式确立下来。实行金瓶掣签制度的谕令颁布之后，八世达赖喇嘛向全藏颁布《水牛年文告》，强调严格执行金瓶掣签制度，并作出了明确、具体的规定，完整体现了章程所规定的金瓶掣签原则，成为实施金瓶掣签制度的重要依据。清朝对达赖喇嘛和班禅额尔德尼两大活佛转世灵童的认定均坚持实行金瓶掣签或特殊情况由中央政府特批免掣的制度。
1936年2月，国民政府蒙藏委员会颁布《喇嘛转世办法》，这是中央政府颁布的就活佛转世管理方面的第一个专门法规，起到了深化活佛转世管理的历史作用。
2007年7月，中华人民共和国国家宗教事务局颁布《藏传佛教活佛转世管理办法》，标志着藏传佛教活佛转世法治化管理更加规范、明晰和全面，具有十分重要的历史意义和现实意义。办法申明了立法的目的和依据，明确规定了活佛转世应当遵循的原则、具备的条件、履行的申请报批手续、转世灵童认定后的报批备案手续、佛教团体的职责，以及活佛证书的颁发和活佛的培养教育等，规定“历史上经金瓶掣签认定的活佛，其转世灵童认定实行金瓶掣签。请求免予金瓶掣签的，由省、自治区人民政府宗教事务部门报国家宗教事务局批准，有特别重大影响的，报国务院批准。”其颁布和施行标志着我国政府对活佛转世坚持法治化管理的进一步深化，对于更好地依法保护公民宗教信仰自由，维护藏传佛教正常秩序，推动藏传佛教健康传承起到了重要保障作用。
境外分裂势力和国际反华势力频频炒作“转世问题”，都在歪曲事实，图谋以所谓“教规”为借口掌控活佛转世的主导权，但国法大于教规，历史事实已经雄辩地证明了这一原则。
三、主权高于一切
在活佛转世问题上，始终坚持主权高于一切的原则。现代国际法所确立的主权原则，要求各国在其相互关系中要尊重对方的主权，不得有任何形式的侵犯。各国独立自主地处理自己内外事务的权利应当受到尊重，其他国家不得进行任何形式的侵略和干涉。世界上任何国家都会依法管理本国的宗教事务，古今中外概莫能外，这与境外分裂势力和国际反华势力所鼓噪的所谓“无神论”干预“有神论”信仰毫不相干，而是国家主权、政府职责的必然要求。独立自主、依法管理活佛转世事务，既体现着国家的利益和民族的尊严，也是依法保护广大宗教界和信教群众合法权益的必然要求，因而也必然会得到宗教界人士和信教群众的广泛支持和拥护。
《藏传佛教活佛转世管理办法》明确规定：“活佛转世不受境外任何组织、个人的干涉和支配。”任何境外势力无权干涉我国的活佛转世，更无权认定我国的任何转世活佛。
藏传佛教界具有爱国爱教、护国利民的优良传统。没有中央政权、国法和国家主权的保障，就没有活佛转世制度的确立和发展，也就不可能有达赖喇嘛转世系统的形成和发展，更不会有历史上达赖喇嘛在西藏地方的政教地位和影响。
在当今依法治国前提下，在依法管理活佛转世事务中，坚持政权大于教权、国法大于教规、主权高于一切的原则，是维护祖国统一、民族团结，维护藏传佛教正常秩序，维护宗教和睦、社会和谐的基本前提。境外任何组织和个人操弄所谓“转世问题”，都是非法的、无效的。宗教事务和个人意愿都必须服从国家法律，活佛转世也绝不能借口所谓“纯属宗教事务”或所谓“尊重转世者本人意愿”而置国家法律于不顾。
